samedi 8 mars 2014

Vulgarisation scientifique, twitter et autres considérations

Un peu de recul sur ce blog
Il y a quelques jours Famille Chrétienne a publié un texte de votre serviteur sur les cellules STAP, ces nouvelles cellules souches reprogrammées de façon extrêmement simple. Ce n'est pas de ces cellules que je souhaite parler ici mais de vulgarisation scientifique. Je suis très heureux de participer à cet effort, et avec ce billet dans FC ce n'est pas le première fois que je m'aventure loin de mon blog. Certains d'entre vous se souviendront peut-être que mon tout premier article, longtemps avant la naissance de ce blog, a été publié par Liberté Politique en 2004. Il concernait un remarquable travail paru dans la revue Science à propose de la baisse du SIDA en Ouganda. Et mon premier billet rapportait l'organisation d'une conférence sur l'évolution au Vatican.

Un compte twitter
Il est particulièrement difficile de faire de la vulgarisation scientifique. C'est un constant exercice d'équilibriste entre la présentation des détails scientifiques pour éviter de trop dénaturer les faits, et l'objectif d'être compris par le plus grand nombre ; je sais de quoi je parle car j'ai récemment écrit des textes sur d'autres sujets et ceux-ci m'ont pris beaucoup moins de temps à écrire que le recensement d'une découverte scientifique. Malheureusement le temps me manque souvent pour traiter en détail des informations essentielles. D'où mon compte twitter qui me permet de faire circuler des nouvelles sans que j'y mette (trop) mon grain de sel. Si vous trouver que les billets se font rares sur ce blog, n'hésitez pas à consulter la colonne de droite où sont repris mes derniers tweets. Et pour tous les voir il suffit, comme pour n'importe quel compte twitter, d'y aller directement par internet ; il n'y a pas besoin de s'inscrire pour lire les tweets de quelqu'un... 

Un exemple de tweet intéressant
Pour l'exemple je signale ici un tweet récent :
 

On y apprend que la plupart des essais de thérapie cellulaire en cours exploitent des cellules souches adultes et que pas un seul essai n'exploite actuellement les cellules souches embryonnaires (ESC en orange dans le graphe). Dans un 2e tweet j'ai donné la source et vous avez tout le loisir d'aller explorer le billet de cet autre blog plus avant (pour les anglophones). Vous y verrez par exemple que le France est particulièrement mal placée dans cette course.


Merci en tout cas aux lecteurs toujours fidèles même si les multiples occupations m'éloignent de mon blog, et n'hésitez pas à regarder de temps en temps ce que j'ai fait circuler via twitter.

vendredi 7 février 2014

Prix et controverses

La Fondation Jérôme Lejeune a décidé de publier un communiqué de presse suite à deux billets publiés ces derniers jours l'un dans Le Monde, et l'autre dans Libération. Ces billets ont en commun une attaque virulente contre Jérôme Lejeune et la Fondation du même nom ; Lejeune n'aurait pas découvert la trisomie 21 mais aurait volé ce résultat à une jeune et talentueuse biologiste, Marthe Gautier. Celle-ci, toujours vivante, a raconté à plusieurs reprises sa version des événements, notamment, et à ma connaissance pour la première fois, dans Médecine/Sciences en 2009. Lejeune, mort en 1994, n'était hélas plus là pour répondre. La polémique a ressurgi à l'occasion des 7e Assises de Génétique Humaine et Médicale qui viennent de se tenir et aux cours desquelles Marthe Gautier devait donner un séminaire sur la découverte de la trisomie 21. Vous lirez par vous-mêmes la suite des événements grâce aux trois premiers liens de ce billet. Ne connaissant aucun des protagonistes, je ne prétends pas savoir quoique ce soit sur le fond de ce sujet (et encore moins sur le retrait de Marthe Gautier peu avant son séminaire). Il faut cependant noter que d'autres ont également revendiqué la paternité de cette découverte et que plusieurs équipes étaient "sur le coup", notamment celle de Patricia Jacobs aux États-Unis qui ne fut battue par Lejeune, Gautier et Turpin que d'un cheveu.

Ce dont je veux parler, c'est de la teneur des billets du Monde et de Libération que je trouve choquants car presque entièrement à charge. Par exemple ce serait par pure misogynie que Marthe Gautier aurait été écartée de la première place de l'article, et des récompenses qui suivirent, l'accusation de machisme étant même directement portée contre une femme, Marie-Odile Réthoré, ce qui m'a laissé passablement perplexe (alors que Marthe Gautier le dit elle-même, elle avait bien un statut de "technicienne" lorsqu'elle a effectué les marquages). De plus la Fondation est coupable d'être réactionnaire, contre l'IVG, la "théorie du genre" etc, ce qui n'apporte rien sur la question de savoir si Marthe Gautier a reçu ou non sa juste part des récompenses mais ne peut pas laisser le lecteur de Libération indifférent. Turpin et Lejeune étant morts je vois mal comment établir les faits de façon dépassionnée. Il semble ne faire aucun doute que l'apport de Marthe Gautier fut déterminant, car elle seule maîtrisait la technique ; il est également très clair que Turpin et Lejeune s'intéressaient et ont continué à s'intéresser à l'origine génétique des maladies, et que les compétences réunies ont permis de franchir un pas décisif.

Il faut cependant savoir que toute grande découverte apporte son lot de controverses. Prenons l'exemple du prix Nobel de physiologie médecine remis à Jules Hoffmann en 2011. À part dans les milieux scientifiques, peu de gens savent que Bruno Lemaître, chercheur chez Hoffmann et premier signataire du papier qui conduira Hoffmann au prix Nobel a présenté sa version des faits et affirme qu'Hoffmann n'était à l'époque que peu intéressé par ses travaux et que le mérite de la découverte devrait lui revenir. Encore une fois loin de moi l'idée de trancher, mais ce témoignage de Lemaître n'a pas eu le retentissement qu'a aujourd'hui celui de Marthe Gautier. Peut-être n'ai-je pas assez cherché, mais je n'ai trouvé aucun article en français à ce sujet (ce que je serai heureux de modifier si un lecteur m'en indique un), alors que ce témoignage a été répercuté à l'étranger. Autre exemple : le Nobel de Montagnier et Barré-Sinoussi en 2008 pour la découverte du VIH dont Jean-Claude Chermann a été écarté pour des raisons présentées de façon très claire dans différents media (comme ici par exemple ; JCC a lui-même écrit un livre sur ce sujet : "Tout le monde doit connaître cette histoire”, éditions Stock, octobre 2009).

Que conclure de ces trois histoires parallèles ? D'abord une évidence, à savoir que les recherches se font en équipe et qu'il est rare de pouvoir récompenser tout le monde ; en général les patrons reçoivent les prix et les expérimentateurs restent dans l'ombre. Cependant ceux qui reçoivent les honneurs ne doivent évidemment pas oublier leurs équipes. Mais je retiens surtout que le traitement réservé à ces trois "affaires" est bien différent, et que le cas de Jérôme Lejeune fait l'objet d'une attention particulière et fort peu objective. Je veux ici témoigner des bienfaits de la Fondation Jérôme Lejeune, que ce soit en direction des porteurs de trisomie 21 par les consultations spécialisées, ou grâce aux financements distribués aux laboratoires pour faire des recherches que personne d'autre ne finance. Je pensais naïvement que l'héritage de Lejeune méritait un peu plus d'objectivité, ou au minimum la prise en compte et le rappel des éléments "à décharge". Je me trompais...

Ce billet a été écrit en écoutant le concerto pour violon en ré majeur de Tchaikovsky. 

NB : ce texte ne fait l'objet d'aucun conflit d'intérêt. Je n'ai jamais reçu de financement de la Fondation Lejeune (et pour cause, je ne travaille pas sur des maladies de l'intelligence) ni n'ai eu l'occasion de profiter des consultations spécialisées,  et ce billet n'est commandité par personne. Je pense que cela va sans le dire, mais encore mieux en le disant :-)

mercredi 29 janvier 2014

**** La reprogrammation cellulaire révolutionnée par les cellules STAP



Nature a mis en ligne deux articles (résumés ici et  ; le reste est payant) et un commentaire en fin d'après-midi. Des chercheurs japonais et américains ont découvert une nouvelle méthode radicalement plus simple pour reprogrammer des cellules chez la souris : ils ont prélevé les cellules juste après la naissance et les ont cultivées dans un milieu légèrement acide pendant 30 minutes pour induire une reprogrammation encore plus complète que pour les cellules iPS ou les cellules souches embryonnaires ; le tout sans aucune des manipulations génétiques requises pour générer des cellules iPS  ! De plus il semblerait que ces cellules, nommées STAP (stimulus-triggered acquisition of pluripotency), retournent à un état quasiment vierge, proche de la totipotence. Elles sont en tout cas capables de produire à la fois les tissus embryonnaires et extraembryonnaires, ce que ni les cellules iPS ni les cellules souches embryonnaires ne peuvent normalement faire. Des souris chimériques générées en partie à partir de ces cellules ont déjà deux ans et semblent parfaitement normales et fertiles.
C'est presqu'incroyable tellement c'est simple, mais il a fallu près de cinq années de travail et plusieurs rejets des articles soumis pour convaincre les évaluateurs. Si cette technique peut être transposée à l'homme, ce sera une révolution rendant probablement les cellules iPS et l'utilisation d'embryons pour la recherche inutiles.
Les spécialistes interrogés par les media britanniques, manifestement mis au courant par Nature avant tous les autres, sont unanimes. À lire ici (en anglais) :
Le Guardian
Le Telegraph
Une vidéo sur le site du Guardian

Un caveat majeur doit être souligné : le risque d'exploiter cette technique pour le clonage comme le souligne le New Scientist.

Merci à Sibellius et son Finlandia, écouté en boucle (!) pendant la préparation de ce billet.

mercredi 18 décembre 2013

Horizon 2020, embryons et cellules souches : un cadre assez contraignant

Conformément à ce qu'ont annoncé certains sites espagnols, l'Union Européenne ne financera pas plus la recherche sur l'embryon humain ou les cellules souches embryonnaires humaines qu'avant, mais pas moins non plus. Un résumé de la situation peut être trouvé ici (en anglais, une source qui a peu de chance d'être favorable aux interdictions). Il s'agit de règles qui s'appliqueront dans le cadre du programme Horizon 2020 qui couvre la période 2014-2020.

- Le principe de subsidiarité s'applique : ne peut être financé dans un pays que ce qui est autorisé par ce même pays.
- Le clonage humain reproductif ne sera pas financé, pas plus que la recherche permettant de modifier l'héritage génétique - en clair on ne peut faire de la thérapie génique que si les modifications ne peuvent pas être transmises.
- Pas de financement pour la fabrication d'embryon à seule fin de recherche.
- Pas de financement s'il y a destruction d'un embryon, y compris pour créer de nouvelles lignées cellulaires. Seules les lignées déjà existantes peuvent êtres utilisées.

Au final : le cadre européen est nettement plus contraignant que la législation française qui autorise la destruction des embryons surnuméraires.

vendredi 6 décembre 2013

Avec de tels arguments, les singes seront des "personnes" dans peu de temps

Qui, du singe ou du fœtus, pourrait devenir une personne juridique aux États-Unis ?

La justice américaine va devoir se prononcer sur la question de savoir si les singes et autres animaux doués d'une certaine forme d'intelligence élémentaire peuvent être considérés comme des "personnes juridiques", et donc avoir les mêmes droits. Il faut savoir que le droit américain considère les animaux comme des choses que l'on "possède" ; il faudrait qu'un juriste le confirme mais j'en déduis que le concept juridique d'animal (être vivant non humain et plus complexe et respectable qu'une plante) n'existe pas en tant que tel, en tout cas pas pour l'aspect qui nous intéresse.

Mais là n'est pas l'objet de ce billet. Je veux plutôt vous parler de ce que la prestigieuse revue Science rapporte à ce sujet (l'article ne peut être lu que par les abonnés). Après avoir longuement décrit la stratégie juridique des promoteurs de ce changement de statut juridique qui concernerait non seulement les singes mais aussi les éléphants, les dauphins, les baleines etc. Pour cela ils s'appuient sur la cas de James Somerset, un esclave noir qui s'est vu reconnu comme "personne juridique" et non plus comme un objet qu'on pouvait posséder en 1762 ; la reconnaissance de ce statut suffit ensuite à le déclarer libre. Passons sur le fait que cela implique de mettre sur le même pied un esclave noir et un singe ou un dauphin ce qui est en soi déjà assez détestable ; ce n'est encore pas de cela que je veux vous parler.

Non, ce qui me sidère c'est la pauvreté des arguments des chercheurs à qui on a demandé leur avis. Un exemple ? "Assigning rights to animals akin to what humans have would be chaotic for the research community" ["donner des droits humains à des animaux serait catastrophique pour la communauté des chercheurs"], déclaration du président de l'Association Nationale de la Recherche Biomédicale. Ou bien celui-ci : "he is concerned that the personhood movement will draw resources away from initiatives to save animals in the wild" ["il a peur que ce mouvement empêche d'accéder aux ressources qui permettraient de sauver ces animaux sauvages"]. Avec des arguments comme ça, ils ont déjà perdu... Je préfère souvent le pragmatisme anglo-saxon à la tendance française qui est le plus souvent de conceptualiser et généraliser mais en l'occurrence, au moins pour cette fois, il vaudrait mieux voir les choses par le grand bout de la lorgnette plutôt que l'inverse. Ne pourrait-on pas raisonner en terme de personnes, d'animaux et des plantes, avec des droits afférents tenant compte des évidentes différences biologique ? Car comme fait remarquer un autre chercheur, après les singes et les dauphins, que se passera-t-il ? Les souris, les rats, les poissons, les drosophiles ? Mais rassurez-vous, les embryons et les fœtus ne seront toujours pas des personnes juridiques et devront se satisfaire de leur statut... qui n'existe pas !

Addendum du 11 décembre 2013
J'avais tort de m'inquiéter et le bon sens a prévalu, au moins pour le moment : les trois premiers procès sont déjà réglés par trois refus ; dans un cas le juge a même refusé d'écouter les avocats (source). Mais les promoteurs de ce statut de "personne juridique" des animaux ne désarment pas et font appel.

jeudi 5 décembre 2013

À voir sur KTO : Science et Foi par Michel Morange


Michel Morange présente rapidement un état des lieux dans le débat entre la Foi et la science. Il est professeur de biologie et d'histoire des sciences à l'ENS, directeur du Centre Cavaillès et membre de l'Académie Catholique de France.

Je retiendrai en particulier le refus de faire intervenir Dieu dans l'évolution à chaque fois que la situation nous paraît trop complexe pour que cela ait pu survenir naturellement. En plaçant Dieu dans nos ignorances nous prenons le risque de devoir le faire bouger si et quand la science donne une explication. Cet argument, le plus puissant qui soit contre l'idée que Dieu est intervenu régulièrement pour "contrôler" l'évolution, est très proche du "Dieu est trop grand pour le mettre dans des trous" de Benoît XVI : "Not as if I wanted now to cram the dear Lord into these gaps: He is too great to be able to find lodgingd in such gaps" (Creation and Evolution, Ignatius Press, San Francisco, 2008, p161).

lundi 16 septembre 2013

La cigale à engrenages

Non ce n'est pas une blague, des chercheurs ont vraiment découvert le premier engrenage naturel fonctionnel, le tout chez la nymphe de la cigale bossue (Issus coleoptratus) ! La preuve en images.

Tout d'abord voici la bestiole en train de sauter :

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Voici maintenant un (très gros) plan sur les pattes arrières au moment du saut (vues de l'arrière) :

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Ce sont les chercheurs Malcolm Burrows et Gregory Sutton du département de zoologie de l'université de Cambridge qui ont fait cette fascinante découverte publiée dans Science jeudi dernier. Cet engrenage permettrait une parfaite synchronisation de la détente des deux pattes arrières pour contrôler l'orientation du saut.
Voici l'engrenage en microscopie électronique à balayage vu de face ; chaque dent de l'engrenage mesure une dizaine de microns, c'est-à-dire un dixième du diamètre d'un cheveu :


Rien d'autre que la bondissante "Chanson de la puce" (qui est chantée par Mephistopheles dans le Faust de Goethe) de Beethoven ne pouvait accompagner ce billet.

samedi 14 septembre 2013

**** L'avènement des cellules iTS : "induced totipotent stem cells"


Totipotentes, pluripotentes, multipotentes, unipotentes: voilà une façon simple de classer les cellules souches en fonction de leur capacité à générer tous, presque tous, plusieurs ou un seul type cellulaire d’un organisme. Les cellules souches dont on parle le plus sont soit pluripotentes comme les cellules souches embryonnaires (CSE) ou les cellules iPS de Shinya Yamanaka, ou bien multipotentes comme les cellules souches de la moelle osseuse. Les cellules pluripotentes sont reconnues au fait qu’elles peuvent donner naissance à tous les tissus embryonnaires mais pas aux tissus extra-embryonnaires.

Maintenant qu’on sait obtenir des cellules pluripotentes facilement grâce aux cellules iPS, un enjeu scientifique majeur consiste désormais à obtenir des cellules totipotentes, autrement dit des zygotes, capables de donner tous les tissus embryonnaires et non embryonnaires. De telles cellules peuvent être obtenues par fécondation bien sûr, mais aussi par transfert nucléaire, aussi appelé improprement « clonage » thérapeutique. Cependant depuis les travaux de Yamanaka, une autre voie s’ouvre aux chercheurs, celle de la reprogrammation de cellules adultes par des facteurs définis. Mais cette reprogrammation n’est qu’imparfaite : les cellules iPS sont équivalentes à des cellules souches pluripotentes mais elles ne sont pas totipotentes (une question déjà évoquée en 2008) – c’est d’ailleurs ce qui en fait une solution très acceptable même pour de pointilleux bioéthiciens.

Les « cellules iTS » : « induced totipotent stem cells »
Certains laboratoires ont déjà réussi à reprogrammer des cellules jusqu’à un état très proche de la totipotence en modifiant leur milieu de culture (voir le billet consacré à ces résultats publiés dans la revue Cell Reports au mois de juin). Cependant cette méthode est très aléatoire et il est difficile de repérer les cellules reprogrammées jusqu’à l’état totipotent. Mais de nouveaux travaux d’une équipe espagnol du CNIO de Madrid publiés cette semaine dans Nature montrent qu’il est très simple d’obtenir des cellules totipotentes si on effectue la même reprogrammation que pour les cellules iPS mais qu’on le fait non plus in vitro dans une boîte de culture mais in vivo, c'est-à-dire dans un animal. Pour cela ils ont généré des souris transgéniques exprimant les quatre facteurs identifiés par Yamanaka sous le contrôle d’un événement inducteur qu’ils pouvaient déclencher à volonté pour produire des cellules iPS dans des souris vivantes. Ils ont ainsi observé la formation de multiples tératomes et même de structures ressemblant à s’y méprendre à des embryons. Et cela a aussi été vu dans des souris parfaitement normales dans lesquelles ils avaient injectées ces cellules reprogrammées dans des souris transgéniques. Ces cellules, que j’appelerai cellules iTS pour la suite de ce billet, peuvent être simplement trouvées dans le sang des souris modifiées génétiquement, rendant l’isolation de ces cellules assez simple.

Aura-t-on des cellules iTS humaines ?
On le sait il existe des différences entre les cellules iPS et les cellules souches embryonnaires ; bien que très bien reprogrammées, les cellules iPS gardent une mémoire de leur origine adulte. Mais dans les deux cas ces cellules ne peuvent plus donner un embryon entier à elles seules, alors que les cellules iTS peuvent le faire. Si donc il n’y a pas d’objection majeure à utiliser des cellules iPS, il n’en sera pas de même avec des cellules iTS humaines. Qu’on se rassure dans l'immédiat : la méthode employée pour générer ces cellules chez la souris n’est pas transposable chez l’homme. Impossible en effet de générer des êtres humains transgéniques exprimant les facteurs de Yamanaka pour faire de la reprogrammation in vivo chez l’homme. Pourrait-on obtenir des cellules iTS autrement ? Sans doute, en identifiant quelques facteurs supplémentaires qui permettraient une reprogrammation totale ; à ce jour ces facteurs supplémentaires sont inconnus mais il ne fait aucun doute que certains labos travaillent d’arrache-pied à les identifier chez la souris et que les résultats seront rapidement exploités chez l’homme. Au rythme où on va on peut parier sans prendre de risque ce sera fait avant 2020, et sans doute bien plus tôt.

Merci à Franz Schubert dont le Winterreise interprété par Dietrich Fischer-Dieskau et Gerald Moore a accompagné l'écriture de ce billet.

jeudi 12 septembre 2013

Trisomie 21, cellules souches et vieillissement prématuré


La trisomie 21 est due à l'existence d’un troisième chromosome 21 au lieu des deux normalement présents dans toutes nos cellules. Ce chromosome est porteur d’environ trois cents gènes et les effets de ce chromosome supplémentaire sont multiples, car chacun des trois cents gènes peut induire un défaut. Cependant on peut espérer traiter certains symptômes liés à des gènes particuliers. Encore faut-il identifier les gènes responsables de ces symptômes (1).
En examinant deux modèles de souris pour la trisomie 21, des chercheurs américains de l'université de Stanford ont identifié un défaut affectant les cellules souches de la moelle osseuse présent dans un modèle et absent dans l’autre. Leur résultats ont été publiés dans la revue Nature hier. Le premier modèle est porteur d’un gène appelé Usp16 présent en trois exemplaires, alors que dans l’autre modèle ce gène n’existe qu’en deux exemplaires. Or ce gène Usp16 est capable de moduler l’expression de nombreux autres gènes ; c’était donc un bon candidat pour expliquer les différences constatées entre les deux modèles de souris. En caractérisant mieux les souris modèles, les chercheurs ont également identifié un défaut dans le renouvellement de cellules souches nerveuses. Ces résultats suggèrent que ce gène contrôle la prolifération des cellules souches qui au lieu de garder leur caractère « jeune » vieilliraient prématurément. Ces observations sont à rapprocher du vieillissement accéléré constaté chez les porteurs de trisomie 21.
On pourrait donc imaginer à terme, même si ce n’est pas pour tout de suite, moduler l’expression de ce gène afin de compenser les défauts de prolifération de certaines cellules souches et corriger peut-être non seulement des symptômes affectant le développement du cerveau mais aussi le vieillissement accéléré.

(1) Une autre solution consisterait à éteindre tout le chromosome supplémentaire, une perspective thérapeutique très différente mais envisagée par une équipe de recherche comme rapporté ici par le blogueur Le Passeur de Sciences.