La presse britannique s'est faite l'écho la semaine dernière du lancement d'un programme pour générer des hématies - ou globules rouges - à partir de cellules souches embryonnaires (The Independant a été le premier). Bien sûr il s'agit de disséquer des embryons surnuméraires afin de récupérer les cellules souches pluripotentes embryonnaires (CSE) et ensuite d'induire leur différenciation en cellules souches du sang puis en globules rouges.
Il y a juste un petit problème, c'est que les cellules souches du sang existent, cela s'appelle les cellules souches hématopoïétiques (CSH), celles qu'on trouve... dans la moelle osseuse et qu'on transplante régulièrement. Pourrait-on m'expliquer l'intérêt de partir de CSE dans ce cas précis ? Car on rajoute une étape dans le processus, celle de la différenciation en cellules hématopoïétiques. Justement en France une équipe lance en ce moment même la première phase d'un essai clinique d'utilisation de sang artificiel obtenu à partir de CSH ou de cellules souches du sang de cordon (comme je vous le disais ici).
Les cellules iPS suffiraient amplement
De plus, s'il est un cas où les cellules iPS (cellules reprogrammées en cellules souches pluripotentes) pourraient servir rapidement chez des patients, c'est bien celui-là. En effet les hématies ont cela de particulier qu'elles n'ont pas de noyau, et donc pas de risque de conserver les oncogènes introduits pendant la phase de reprogrammation. On pourrait donc d'une façon ou d'une autre aisément se dispenser de sacrifier inutilement des embryons, fussent-ils surnuméraires.
lundi 30 mars 2009
samedi 28 mars 2009
La cellule iPS sans traces de reprogrammation
Le 2 mars je vous parlais d'études publiées dans Nature démontrant qu'on pouvait utiliser des transposons et le système piggyBac pour générer des cellules iPS puis retirer les séquences des gènes introduits (ici). Puis le 7 mars, un article dans Cell montrait qu'on pouvait aussi utiliser le système Cre/Lox (là). L'inconvénient de ces méthodes étaient qu'il restait tout de même quelques séquences utilisées pour introduire les gènes de reprogrammation dans le génome des cellules iPS, ou bien que la quantité de travail impliquée était très important.
Hier Science a publié un article de l'équipe de James Thomson démontrant qu'on pouvait faire encore mieux en utilisant des épisomes (dans ce cas basés sur le vecteur oriP/EBNA1) qui ne s'intègrent à aucun moment dans le génome des cellules différenciées que l'on va reprogrammer. Ces plasmides sont maintenues grâce à une pression de sélection sous la forme d'une drogue ajoutée au milieu. Lorsque la reprogrammation est achevée, il suffit de retirer la drogue pour que les cellules perdent leur épisome au rythme de 5% des cellules par génération. On se retrouve donc rapidement avec une population de cellules iPS ne contenant plus de traces des gènes utilisés pour la reprogrammation sans efforts particuliers. Mais contrairement à la tendance de ces derniers mois consistant à réduire le nombre des gènes introduits, cette équipe en a mis deux de plus, introduisant OCT4, SOX2, NANOG, LIN28, c-Myc et KLF4. Le fait de pouvoir facilement les enlever ensuite rend possible cette stratégie.
Les cellules reprogrammées ressemblaient bien sûr à des cellules souches embryonnaires (rapport noyau/cytoplasme important, nucléoles facilement visibles, colonies compacts). Et elles ont été capables d'induire des tératomes dans des souris immunodéprimées.
La méthode utilisée n'est pas très efficace, permettant d'obtenir 3 à 6 colonies en partant d'un million de fibroblastes. Mais ces fibroblastes sont faciles à avoir car ils ont été isolés à partir de la peau - chez des nouveaux-nés en ce qui concerne cette étude, ces cellules étant disponibles chez ATCC.
Les cellules souches embryonnaires ont-elles encore un avenir ?
Il est trop tôt pour savoir si la levée par Obama de l'embargo imposé par Bush aura un très fort impact. Mais des sources concordantes que je garderai pour moi suggèrent que de plus en plus de laboratoires se tournent vers les cellules iPS qui pourraient prendre une avance considérable car il n'y a quasiment aucun problème éthique et on peut facilement les obtenir. Finalement, peut-être s'apercevra-t-on un jour que la décision de Bush aura donné le temps - même involontairement - aux cellules iPS de révolutionner la biologie cellulaire !
Source : Science DOI: 10.1126/science.1172482
Hier Science a publié un article de l'équipe de James Thomson démontrant qu'on pouvait faire encore mieux en utilisant des épisomes (dans ce cas basés sur le vecteur oriP/EBNA1) qui ne s'intègrent à aucun moment dans le génome des cellules différenciées que l'on va reprogrammer. Ces plasmides sont maintenues grâce à une pression de sélection sous la forme d'une drogue ajoutée au milieu. Lorsque la reprogrammation est achevée, il suffit de retirer la drogue pour que les cellules perdent leur épisome au rythme de 5% des cellules par génération. On se retrouve donc rapidement avec une population de cellules iPS ne contenant plus de traces des gènes utilisés pour la reprogrammation sans efforts particuliers. Mais contrairement à la tendance de ces derniers mois consistant à réduire le nombre des gènes introduits, cette équipe en a mis deux de plus, introduisant OCT4, SOX2, NANOG, LIN28, c-Myc et KLF4. Le fait de pouvoir facilement les enlever ensuite rend possible cette stratégie.
Les cellules reprogrammées ressemblaient bien sûr à des cellules souches embryonnaires (rapport noyau/cytoplasme important, nucléoles facilement visibles, colonies compacts). Et elles ont été capables d'induire des tératomes dans des souris immunodéprimées.
La méthode utilisée n'est pas très efficace, permettant d'obtenir 3 à 6 colonies en partant d'un million de fibroblastes. Mais ces fibroblastes sont faciles à avoir car ils ont été isolés à partir de la peau - chez des nouveaux-nés en ce qui concerne cette étude, ces cellules étant disponibles chez ATCC.
Les cellules souches embryonnaires ont-elles encore un avenir ?
Il est trop tôt pour savoir si la levée par Obama de l'embargo imposé par Bush aura un très fort impact. Mais des sources concordantes que je garderai pour moi suggèrent que de plus en plus de laboratoires se tournent vers les cellules iPS qui pourraient prendre une avance considérable car il n'y a quasiment aucun problème éthique et on peut facilement les obtenir. Finalement, peut-être s'apercevra-t-on un jour que la décision de Bush aura donné le temps - même involontairement - aux cellules iPS de révolutionner la biologie cellulaire !
Source : Science DOI: 10.1126/science.1172482
jeudi 26 mars 2009
Mais pourquoi la Poste n'a t-elle pas perdu cette lettre ?
Le Monde a publié il y a deux jours une "Lettre ouverte à Benoît XVI". Les signataires de ce texte sont :
Bertrand Audoin, directeur exécutif de Sidaction
Françoise Barré-Sinoussi, chercheuse en virologie à l'Institut Pasteur, lauréate du Prix Nobel de médecine 2008
Jean-François Delfraissy, directeur de l'Agence nationale de recherche sur le sida et les hépatites virales
Yves Levy, président du conseil scientifique de Sidaction
Commentaire de texte :
Votre Sainteté,
Votre déclaration dans l'avion vous conduisant en Afrique a jeté la consternation et a suscité de nombreuses réactions indignées du monde scientifique, politique, de malades du sida et des associations qui luttent au quotidien sur le terrain pour freiner l'épidémie et aider les malades.
Pourquoi ?
Parce que cette déclaration est contredite par les résultats de vingt-cinq ans de recherche scientifique. Ces études montrent que le préservatif est une barrière imperméable aux agents infectieux sexuellement transmissibles (1). Les normes internationales de fabrication de cet outil de prévention lui assurent la plus grande efficacité.
Vous avez entendu le Pape faire un commentaire là-dessus ?
L'analyse globale de près de 140 articles scientifiques consacrés au suivi de couples où l'un des deux partenaires est séropositif démontre de manière irréfutable que l'utilisation régulière du préservatif permet de réduire d'au moins 90 % le risque de transmission du VIH, mais également d'autres maladies sexuellement transmissibles (2).
Passons sur le fait de citer un résumé soumis à un congrès au lieu d'un article dans une revue à comité de lecture. Mais même comme ça le chiffre est modifié, exactement ce qu'on reprochait à Bush de faire pour des raisons idéologiques ! La référence donnée évoque le chiffre de 85% (je cite : "Results of longitudinal studies of the sexual partners of HIV-infected persons indicate that consistent condom use reduces the risk of HIV/AIDS transmission by approximately 85%"), et seulement chez ceux qui utilisent toujours le préservatif. Cela signifie que sur six ou sept personnes utilisant régulièrement un préservatif, il y aura une personne contaminée. C'est moins efficace que les méthodes naturelles de régulation des naissances (Frank-Herrmann et al, Human Reprod 22 1310-1319) dont on nous dit pourtant que cela consiste à jouer à la "roulette vaticane".
Ces recherches montrent aussi que l'utilisation du préservatif et les campagnes de prévention et d'éducation sexuelle ont été, et restent, le principal frein à l'extension de l'épidémie dans le monde entier, y compris en Afrique ou en Asie.
C'est faux. Le principal frein à l'extension de l'épidémie, c'est la réduction du nombre de partenaires. Cela est démontré par Stoneburner et Low-Beer dans une remarquable étude publiée dans Science en 2004 (Stoneburner & Low-Beer, Science, 304, 714-719). Je cite le résumé de l'article :
Uganda has shown a 70% decline in HIV prevalence since the early 1990s, linked to a 60% reduction in casual sex. The response in Uganda appears to be distinctively associated with communication about acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) through social networks. Despite substantial condom use and promotion of biomedical approaches, other African countries have shown neither similar behavioral responses nor HIV prevalence declines of the same scale. The Ugandan success is equivalent to a vaccine of 80% effectiveness
Pour ceux à qui cela ne suffit pas, je suggère de se rapporter à l'étude évoquée il y a deux jours et publiée par Helen Epstein dans le British Medical Journal (Epstein, BMJ 2008 337 a2638). Il y est écrit noir sur blanc que le plus important c'est la réduction du nombre de partenaires, surtout s'il y a des partenaires simultanés. Je cite : "Increased condom use also contributed to these declines, but where condom use alone has increased and partner reduction has not occurred, HIV infection rates have not fallen".
Au Brésil, la politique de promotion et de distribution de préservatifs dans la population générale a par exemple fortement contribué au contrôle de l'épidémie.
Parce que votre déclaration relève d'un cynisme insupportable.
Plus de 25% de malades du SIDA soignés par les catholiques, c'est "d'un cynisme insupportable" ?
Vous ne pouvez pas ignorer que, sur les 33 millions de personnes vivant avec le VIH, près de 22 millions vivent en Afrique
Où 6 millions sont soignés par des catholiques (25%). Sans doute plus en réalité car on parle de l'Afrique
(...) Nous savons tous que l'utilisation du préservatif doit se situer dans une démarche globale de prévention, qui intègre l'information sur la maladie, l'accès aux traitements et, plus largement, des mesures individuelles de réduction des risques.
C'est pourquoi vous ne citez que le préservatif et pas le facteur le plus important, à savoir la réduction du nombre de partenaires sexuels, surtout s'ils sont simultanés.
Etc, etc.
Bertrand Audoin, directeur exécutif de Sidaction
Françoise Barré-Sinoussi, chercheuse en virologie à l'Institut Pasteur, lauréate du Prix Nobel de médecine 2008
Jean-François Delfraissy, directeur de l'Agence nationale de recherche sur le sida et les hépatites virales
Yves Levy, président du conseil scientifique de Sidaction
Commentaire de texte :
Votre Sainteté,
Votre déclaration dans l'avion vous conduisant en Afrique a jeté la consternation et a suscité de nombreuses réactions indignées du monde scientifique, politique, de malades du sida et des associations qui luttent au quotidien sur le terrain pour freiner l'épidémie et aider les malades.
Pourquoi ?
Parce que cette déclaration est contredite par les résultats de vingt-cinq ans de recherche scientifique. Ces études montrent que le préservatif est une barrière imperméable aux agents infectieux sexuellement transmissibles (1). Les normes internationales de fabrication de cet outil de prévention lui assurent la plus grande efficacité.
Vous avez entendu le Pape faire un commentaire là-dessus ?
L'analyse globale de près de 140 articles scientifiques consacrés au suivi de couples où l'un des deux partenaires est séropositif démontre de manière irréfutable que l'utilisation régulière du préservatif permet de réduire d'au moins 90 % le risque de transmission du VIH, mais également d'autres maladies sexuellement transmissibles (2).
Passons sur le fait de citer un résumé soumis à un congrès au lieu d'un article dans une revue à comité de lecture. Mais même comme ça le chiffre est modifié, exactement ce qu'on reprochait à Bush de faire pour des raisons idéologiques ! La référence donnée évoque le chiffre de 85% (je cite : "Results of longitudinal studies of the sexual partners of HIV-infected persons indicate that consistent condom use reduces the risk of HIV/AIDS transmission by approximately 85%"), et seulement chez ceux qui utilisent toujours le préservatif. Cela signifie que sur six ou sept personnes utilisant régulièrement un préservatif, il y aura une personne contaminée. C'est moins efficace que les méthodes naturelles de régulation des naissances (Frank-Herrmann et al, Human Reprod 22 1310-1319) dont on nous dit pourtant que cela consiste à jouer à la "roulette vaticane".
Ces recherches montrent aussi que l'utilisation du préservatif et les campagnes de prévention et d'éducation sexuelle ont été, et restent, le principal frein à l'extension de l'épidémie dans le monde entier, y compris en Afrique ou en Asie.
C'est faux. Le principal frein à l'extension de l'épidémie, c'est la réduction du nombre de partenaires. Cela est démontré par Stoneburner et Low-Beer dans une remarquable étude publiée dans Science en 2004 (Stoneburner & Low-Beer, Science, 304, 714-719). Je cite le résumé de l'article :
Uganda has shown a 70% decline in HIV prevalence since the early 1990s, linked to a 60% reduction in casual sex. The response in Uganda appears to be distinctively associated with communication about acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) through social networks. Despite substantial condom use and promotion of biomedical approaches, other African countries have shown neither similar behavioral responses nor HIV prevalence declines of the same scale. The Ugandan success is equivalent to a vaccine of 80% effectiveness
Pour ceux à qui cela ne suffit pas, je suggère de se rapporter à l'étude évoquée il y a deux jours et publiée par Helen Epstein dans le British Medical Journal (Epstein, BMJ 2008 337 a2638). Il y est écrit noir sur blanc que le plus important c'est la réduction du nombre de partenaires, surtout s'il y a des partenaires simultanés. Je cite : "Increased condom use also contributed to these declines, but where condom use alone has increased and partner reduction has not occurred, HIV infection rates have not fallen".
Au Brésil, la politique de promotion et de distribution de préservatifs dans la population générale a par exemple fortement contribué au contrôle de l'épidémie.
Parce que votre déclaration relève d'un cynisme insupportable.
Plus de 25% de malades du SIDA soignés par les catholiques, c'est "d'un cynisme insupportable" ?
Vous ne pouvez pas ignorer que, sur les 33 millions de personnes vivant avec le VIH, près de 22 millions vivent en Afrique
Où 6 millions sont soignés par des catholiques (25%). Sans doute plus en réalité car on parle de l'Afrique
(...) Nous savons tous que l'utilisation du préservatif doit se situer dans une démarche globale de prévention, qui intègre l'information sur la maladie, l'accès aux traitements et, plus largement, des mesures individuelles de réduction des risques.
C'est pourquoi vous ne citez que le préservatif et pas le facteur le plus important, à savoir la réduction du nombre de partenaires sexuels, surtout s'ils sont simultanés.
Etc, etc.
dimanche 22 mars 2009
Le préservatif aggrave-t-il le problème du SIDA ?
Oui répond Edward C. Green, directeur d'un programme de recherche sur la prévention du SIDA à Harvard. Il l'a dit lors d'un entretien tout récemment. Il l'avait déjà écrit en 2003 :
"There is no evidence that mass promotion of condoms has paid off with a decline of HIV infection rates at the population level in Africa, according to a new UNAIDS assessment of condom effectiveness. In fact, countries with the highest levels of condom availability (Zimbabwe, Botswana, South Africa, Kenya) also have some of the highest HIV prevalence rates in the world."
[Il n'y a pas de preuve qu'une promotion massive du préservatif ait permis d'obtenir une baisse des taux de contamination par le VIH au niveau de toute une population en Afrique, selon un récent bilan de l'ONUSIDA sur l'efficacité du préservatif. En fait, les pays avec les niveaux de disponibilités de préservatifs les plus importants (Zimbabwe, Botswana, Afrique du Sud, Kenya) ont aussi parmi les plus forts taux de prévalence du VIH au monde - traduction AB].
Mercredi, il a affirmé : "The Pope is correct, or put it a better way, the best evidence we have supports the pope’s comments (...) condoms have been proven to not be effective at the ‘level of population.’ There is a consistent association shown by our best studies, including the U.S.-funded ‘Demographic Health Surveys,’ between greater availability and use of condoms and higher (not lower) HIV-infection rates. This may be due in part to a phenomenon known as risk compensation, meaning that when one uses a risk-reduction ‘technology’ such as condoms, one often loses the benefit (reduction in risk) by ‘compensating’ or taking greater chances than one would take without the risk-reduction technology.”
[Le Pape a raison, ou bien disons que tous les indices dont nous disposons vont dans le même sens que ce qu'à dit le Pape (...) Il a été démontré que les préservatifs ne sont pas efficaces au niveau d'une population. Il y a un lien récurrent, démontré par nos meilleurs études, y compris les "Demographic Health Surveys", entre une plus grande disponibilité et utilisation des préservatifs et un taux d'infection au VIH plus élevé (et non moins élevé). Ceci peut être dû en partie au phénomène connu sous le nom de "compensation du risque", ce qui signifie que si quelqu'un utilise une technique de réduction d'un risque comme le préservatif, il perd souvent le bénéfice de cette réduction en compensant, ou prenant plus de risques que s'il n'avait pas utilisé cette technique - traduction AB]
Citons maintenant Helen Epstein, journaliste indépendante et spécialiste de santé publique dans les pays en voie de développement, auteur notamment de The Invisible Cure: Why We Are Losing The Fight Against AIDS in Africa. Dans le British Medical Journal, voici ce qu'elle écrivait en novembre 2008 :
"Increased condom use also contributed to these declines, but where condom use alone has increased and partner reduction has not occurred, HIV infection rates have not fallen. Universal monogamy is an impossible goal anywhere, but mathematical modelling studies suggest that even small changes in the fraction of people with multiple partnerships can decrease everyone’s risk by breaking up transmission pathways (Morris M, unpublished data). When most transmission occurs in long term relationships, only unrealistically high rates of consistent condom use would achieve the same effect."
[Une augmentation de l'utilisation de préservatifs a aussi contribué à ces déclins, mais quand seule l'utilisation du préservatif a augmentée mais qu'il n'y a pas eu de baisse du nombre de partenaires, le taux d'infection par le VIH n'a pas baissé (Hearst N & Chen S. Stud Fam Plann 2004;35:39-47). La monogamie universelle est un but impossible où que ce soit, mais les modèles mathématiques suggèrent que même un petit changement parmi les gens qui ont des partenaires multiples peut diminuer le risque de chacun en cassant les chaînes de transmission (Morris M, données non publiées). Quand la plupart des infections arrivent dans des relations à long terme, seuls des taux non réalistes d'utilisation du préservatif pourrait permettre d'obtenir le même effet - traduction AB]
Certes, Helen Epstein ne va pas aussi loin qu'Edward Green, mais elle dit explicitement que le préservatif ne sert à rien s'il n'y a pas un changement de comportement. Et maintenons on peut lire la suite de la réponse de Benoît XVI...
"There is no evidence that mass promotion of condoms has paid off with a decline of HIV infection rates at the population level in Africa, according to a new UNAIDS assessment of condom effectiveness. In fact, countries with the highest levels of condom availability (Zimbabwe, Botswana, South Africa, Kenya) also have some of the highest HIV prevalence rates in the world."
[Il n'y a pas de preuve qu'une promotion massive du préservatif ait permis d'obtenir une baisse des taux de contamination par le VIH au niveau de toute une population en Afrique, selon un récent bilan de l'ONUSIDA sur l'efficacité du préservatif. En fait, les pays avec les niveaux de disponibilités de préservatifs les plus importants (Zimbabwe, Botswana, Afrique du Sud, Kenya) ont aussi parmi les plus forts taux de prévalence du VIH au monde - traduction AB].
Mercredi, il a affirmé : "The Pope is correct, or put it a better way, the best evidence we have supports the pope’s comments (...) condoms have been proven to not be effective at the ‘level of population.’ There is a consistent association shown by our best studies, including the U.S.-funded ‘Demographic Health Surveys,’ between greater availability and use of condoms and higher (not lower) HIV-infection rates. This may be due in part to a phenomenon known as risk compensation, meaning that when one uses a risk-reduction ‘technology’ such as condoms, one often loses the benefit (reduction in risk) by ‘compensating’ or taking greater chances than one would take without the risk-reduction technology.”
[Le Pape a raison, ou bien disons que tous les indices dont nous disposons vont dans le même sens que ce qu'à dit le Pape (...) Il a été démontré que les préservatifs ne sont pas efficaces au niveau d'une population. Il y a un lien récurrent, démontré par nos meilleurs études, y compris les "Demographic Health Surveys", entre une plus grande disponibilité et utilisation des préservatifs et un taux d'infection au VIH plus élevé (et non moins élevé). Ceci peut être dû en partie au phénomène connu sous le nom de "compensation du risque", ce qui signifie que si quelqu'un utilise une technique de réduction d'un risque comme le préservatif, il perd souvent le bénéfice de cette réduction en compensant, ou prenant plus de risques que s'il n'avait pas utilisé cette technique - traduction AB]
Citons maintenant Helen Epstein, journaliste indépendante et spécialiste de santé publique dans les pays en voie de développement, auteur notamment de The Invisible Cure: Why We Are Losing The Fight Against AIDS in Africa. Dans le British Medical Journal, voici ce qu'elle écrivait en novembre 2008 :
"Increased condom use also contributed to these declines, but where condom use alone has increased and partner reduction has not occurred, HIV infection rates have not fallen. Universal monogamy is an impossible goal anywhere, but mathematical modelling studies suggest that even small changes in the fraction of people with multiple partnerships can decrease everyone’s risk by breaking up transmission pathways (Morris M, unpublished data). When most transmission occurs in long term relationships, only unrealistically high rates of consistent condom use would achieve the same effect."
[Une augmentation de l'utilisation de préservatifs a aussi contribué à ces déclins, mais quand seule l'utilisation du préservatif a augmentée mais qu'il n'y a pas eu de baisse du nombre de partenaires, le taux d'infection par le VIH n'a pas baissé (Hearst N & Chen S. Stud Fam Plann 2004;35:39-47). La monogamie universelle est un but impossible où que ce soit, mais les modèles mathématiques suggèrent que même un petit changement parmi les gens qui ont des partenaires multiples peut diminuer le risque de chacun en cassant les chaînes de transmission (Morris M, données non publiées). Quand la plupart des infections arrivent dans des relations à long terme, seuls des taux non réalistes d'utilisation du préservatif pourrait permettre d'obtenir le même effet - traduction AB]
Certes, Helen Epstein ne va pas aussi loin qu'Edward Green, mais elle dit explicitement que le préservatif ne sert à rien s'il n'y a pas un changement de comportement. Et maintenons on peut lire la suite de la réponse de Benoît XVI...
Des excuses pour un silence trop long
Toutes mes excuses aux lecteurs réguliers de ce blog. J'avais décidé de laisser passer le déferlement médiatique suite à la décision d'Obama d'autoriser la recherche sur les cellules souches embryonnaires, pour réagir sereinement. Là-dessus il y a eu les déclaration de Benoît XVI sur le préservatif, et là aussi je réagirai dès que possible. En attendant, on peut se rapporter à ce que j'ai publié dans Liberté Politique en 2004. L'article était essentiellement un compte-rendu d'une étude publiée dans Science démontrant que l'Ouganda avait vu le nombre de cas de séropositivité chuter dramatiquement grâce à des campagnes massives encourageant à la fidélité et à l'abstinence, et que le préservatif n'avait joué qu'un rôle mineur dans cette réussite.
Du thé vert contre la trisomie 21
L'année 2009 est le 50ème anniversaire de la découverte de la trisomie 21. Jérôme Lejeune et son équipe démontrait en 1959 que le syndrome de Down était dû à une copie supplémentaire du chromosome 21 chez les personnes atteintes ; c'était aussi la première maladie dont l'origine génétique était démontrée. Hier, c'était la journée mondiale de la trisomie 21.
Le Figaro a publié le 20 mars un très bon compte-rendu d'un article publié récemment par une équipe française. Il y est question de traiter certains des symptômes associés à la trisomie 21 avec du thé vert, du moins chez des souris. Souhaitons que ces découvertes soient validées chez l'homme.
Référence : Guedj F et al. (2009) Green Tea Polyphenols Rescue of Brain Defects Induced by Overexpression of DYRK1A. PLoS ONE 4(2): e4606. doi:10.1371/journal.pone.0004606
Le Figaro a publié le 20 mars un très bon compte-rendu d'un article publié récemment par une équipe française. Il y est question de traiter certains des symptômes associés à la trisomie 21 avec du thé vert, du moins chez des souris. Souhaitons que ces découvertes soient validées chez l'homme.
Référence : Guedj F et al. (2009) Green Tea Polyphenols Rescue of Brain Defects Induced by Overexpression of DYRK1A. PLoS ONE 4(2): e4606. doi:10.1371/journal.pone.0004606
samedi 7 mars 2009
De piggyBac en Cre/Lox : des cellules iPS humaines de plus en plus performantes
Ce titre barbare renvoie aux techniques récemment exploitées pour reprogrammer des cellules différenciées en cellules souches induites (cellules iPS) tout en se débarrassant ensuite des facteurs utilisés pour la reprogrammation.
Je vous ai parlé lundi d'articles parus dans Nature, et je signalais un regret : les auteurs n'avaient reprogrammé que des cellules embryonnaires, même si elles étaient différenciées. La technique utilisée appelée piggyBac faisait appel à un élément transposable. Une étude du laboratoire de Rudolph Jaenisch parue dans Cell va plus loin avec une autre méthode, celle du système Cre/Lox. Pour résumer, on intègre des gènes (ici ceux des facteurs de la reprogrammation) dans le génome des cellules à modifier ; après modification on fait s'exprimer une enzyme qui va exciser les gènes ajoutés. D'une façon ou d'une autre cela a le mérite d'éliminer tout risque dû aux facteurs utilisés pour la reprogrammation, dont les oncogènes c-Myc et Klf4.
Mais l'avancée majeure est ailleurs : cette fois-ci l'étude démontre la reprogrammation de cellules différenciées adultes, et non plus embryonnaires, et va encore plus loin en induisant la re-différenciation des cellules iPS générées pour obtenir des neurones dopaminergiques. Ces neurones sont précisément ceux qui sont atteints par la maladie de Parkinson, et les cellules de la peau venaient de 7 patients atteints par cette maladie et âgés de 53 à 85 ans ; pour chaque patient plusieurs lignées de cellules iPS ont été obtenues après reprogrammation par trois (Oct4, Sox2, Klf4) ou quatre facteurs (c-Myc en plus). On peut donc désormais créer des neurones modélisant parfaitement la maladie de Parkinson d'un patient donné. Et ça ne s'arrête pas là : Jaenisch et ses collègues ont démontré que les cellules iPS débarrassées des facteurs de reprogrammation sont plus proches des cellules souches embryonnaires que ne le sont les cellules iPS encore porteuses de ces facteurs ; le critère utilisé est le profil d'expression génétique des différents types cellulaires.
Pour résumer on a là un protocole efficace pour reprogrammer des cellules différenciées humaines chez des adultes de plus de 80 ans et ensuite supprimer les gènes introduits pour les reprogrammer. Pouvoir faire cela en partant de patient atteints de maladies génétiques permettra d'établir des lignées cellulaires reproduisant exactement ces mutations génétiques et donc de tester in vitro de nouvelles thérapies.
Je vous ai parlé lundi d'articles parus dans Nature, et je signalais un regret : les auteurs n'avaient reprogrammé que des cellules embryonnaires, même si elles étaient différenciées. La technique utilisée appelée piggyBac faisait appel à un élément transposable. Une étude du laboratoire de Rudolph Jaenisch parue dans Cell va plus loin avec une autre méthode, celle du système Cre/Lox. Pour résumer, on intègre des gènes (ici ceux des facteurs de la reprogrammation) dans le génome des cellules à modifier ; après modification on fait s'exprimer une enzyme qui va exciser les gènes ajoutés. D'une façon ou d'une autre cela a le mérite d'éliminer tout risque dû aux facteurs utilisés pour la reprogrammation, dont les oncogènes c-Myc et Klf4.
Mais l'avancée majeure est ailleurs : cette fois-ci l'étude démontre la reprogrammation de cellules différenciées adultes, et non plus embryonnaires, et va encore plus loin en induisant la re-différenciation des cellules iPS générées pour obtenir des neurones dopaminergiques. Ces neurones sont précisément ceux qui sont atteints par la maladie de Parkinson, et les cellules de la peau venaient de 7 patients atteints par cette maladie et âgés de 53 à 85 ans ; pour chaque patient plusieurs lignées de cellules iPS ont été obtenues après reprogrammation par trois (Oct4, Sox2, Klf4) ou quatre facteurs (c-Myc en plus). On peut donc désormais créer des neurones modélisant parfaitement la maladie de Parkinson d'un patient donné. Et ça ne s'arrête pas là : Jaenisch et ses collègues ont démontré que les cellules iPS débarrassées des facteurs de reprogrammation sont plus proches des cellules souches embryonnaires que ne le sont les cellules iPS encore porteuses de ces facteurs ; le critère utilisé est le profil d'expression génétique des différents types cellulaires.
Pour résumer on a là un protocole efficace pour reprogrammer des cellules différenciées humaines chez des adultes de plus de 80 ans et ensuite supprimer les gènes introduits pour les reprogrammer. Pouvoir faire cela en partant de patient atteints de maladies génétiques permettra d'établir des lignées cellulaires reproduisant exactement ces mutations génétiques et donc de tester in vitro de nouvelles thérapies.
mercredi 4 mars 2009
La maltraitance des enfants : des conséquences génétiques
Les enfants maltraités gardent toute leur vie des marques psychologiques de leur enfance malheureuse, cela semble hélas évident. Ce que démontre une récente étude publiée dans la revue Nature Neuroscience, c'est que les marques vont s'imprimer jusque dans l'ADN de l'enfant par des modifications épigénétiques.
Des études précédentes avaient démontré que de jeunes rats délaissés par leur mère accumulaient plus de groupes méthyl sur le promoteur du gène codant un récepteur pour les hormones glucocorticoïdes. La méthylation de l'ADN est une modification épigénétique bien connue qui induit le plus souvent une répression des gènes voisins de ces modifications. Dans le cas de ces récepteurs cela a pour conséquence une potentielle augmentation de la réponse à un stress.
Des chercheurs canadiens de l'Université McGill de Montréal ont examiné des échantillons de cerveaux de personnes s'étant suicidé, et ont découvert que celles qui avaient été maltraitées pendant leur enfance avait un profil de méthylation du récepteur NR3C1 similaire à celui des jeunes rats abandonnés. Et ils exprimaient moins de récepteurs aux glucocorticoïdes ce qui implique une réponse plus forte en cas de stress. En revanche ce profil n'a pas été trouvé chez les personnes non maltraitées pendant leur enfance, qu'elles soient décédées de mort naturelle ou suicide.
Le rôle du contrôle épigénétique
Cet article illustre l'importance croissante accordée aux modifications secondaires de l'ADN au cours de la vie. Je n'ai encore que peu parlé de l'épigénétique sur ce blog (sauf ici), mais c'est certainement un phénomène que l'on comprend de mieux en mieux et qui modifie sensiblement notre façon de comprendre le "programme" génétique, davantage susceptible d'être modifié qu'on ne le croyait. Et bien sûr il révèle l'importance de l'environnement dans lequel les enfants grandissent, mais cela est vrai même sans modifications épigénétiques.
Des études précédentes avaient démontré que de jeunes rats délaissés par leur mère accumulaient plus de groupes méthyl sur le promoteur du gène codant un récepteur pour les hormones glucocorticoïdes. La méthylation de l'ADN est une modification épigénétique bien connue qui induit le plus souvent une répression des gènes voisins de ces modifications. Dans le cas de ces récepteurs cela a pour conséquence une potentielle augmentation de la réponse à un stress.
Des chercheurs canadiens de l'Université McGill de Montréal ont examiné des échantillons de cerveaux de personnes s'étant suicidé, et ont découvert que celles qui avaient été maltraitées pendant leur enfance avait un profil de méthylation du récepteur NR3C1 similaire à celui des jeunes rats abandonnés. Et ils exprimaient moins de récepteurs aux glucocorticoïdes ce qui implique une réponse plus forte en cas de stress. En revanche ce profil n'a pas été trouvé chez les personnes non maltraitées pendant leur enfance, qu'elles soient décédées de mort naturelle ou suicide.
Le rôle du contrôle épigénétique
Cet article illustre l'importance croissante accordée aux modifications secondaires de l'ADN au cours de la vie. Je n'ai encore que peu parlé de l'épigénétique sur ce blog (sauf ici), mais c'est certainement un phénomène que l'on comprend de mieux en mieux et qui modifie sensiblement notre façon de comprendre le "programme" génétique, davantage susceptible d'être modifié qu'on ne le croyait. Et bien sûr il révèle l'importance de l'environnement dans lequel les enfants grandissent, mais cela est vrai même sans modifications épigénétiques.
lundi 2 mars 2009
Reprogrammation de cellules humaines en cellules iPS sans virus
Deux articles publiés dimanche dans Nature, plus un autre dans la revue Development il y a deux semaines vont encore mettre les cellules iPS en vedette. Depuis 2006, on sait grâce à l'équipe de Yamanaka qu'on peut reprogrammer des cellules adultes pour en faire des cellules souches qui ressemblent à s'y méprendre aux cellules souches embryonnaires. Il a été montré récemment qu'on pouvait faire de la reprogrammation sans virus, et/ou sans oncogène (c-Myc et Klf4), mais surtout chez la souris (voir ici, là et encore là par exemple).
Cette fois-ci, les articles démontrent qu'on peut reprogrammer des cellules murines ou humaines sans virus, par la technique très classique d'électroporation. Ceci consiste à induire un choc électrique qui permet de créer des petits trous temporaires dans la membrane des cellules par où l'ADN va pouvoir passer pour arriver jusque dans le noyau. Un seul plasmide contenant les quatre facteurs ( c-Myc, Klf4, Oct4 et Sox2) permettant la reprogrammation est utilisé. La principale nouveauté est l'utilisation d'un élément transposable qui permet, après reprogrammation, l'excision de ce plasmide. On peut donc donner naissance à des cellules iPS n'exprimant plus aucun des quatre facteurs, éliminant par la même occasion le risque de cancer associé aux oncogènes introduits temporairement.
Un regret important
Le défaut de ces trois études vient de ce que cette technique n'a été utilisée que pour reprogrammer des fibroblastes embryonnaires ou des cellules encore multipotentes, tant chez la souris que chez l'homme. Il faut encore démontrer que cela est faisable sur des cellules adultes, plus "vieilles" et donc plus difficiles à reprogrammer.
Références
Kaji et al, Nature AOP doi:10.1038/nature07864
Woltjen et al, Nature AOP doi:10.1038/nature07863
Guo et al, Development doi: 10.1242/dev.030957
Cette fois-ci, les articles démontrent qu'on peut reprogrammer des cellules murines ou humaines sans virus, par la technique très classique d'électroporation. Ceci consiste à induire un choc électrique qui permet de créer des petits trous temporaires dans la membrane des cellules par où l'ADN va pouvoir passer pour arriver jusque dans le noyau. Un seul plasmide contenant les quatre facteurs ( c-Myc, Klf4, Oct4 et Sox2) permettant la reprogrammation est utilisé. La principale nouveauté est l'utilisation d'un élément transposable qui permet, après reprogrammation, l'excision de ce plasmide. On peut donc donner naissance à des cellules iPS n'exprimant plus aucun des quatre facteurs, éliminant par la même occasion le risque de cancer associé aux oncogènes introduits temporairement.
Un regret important
Le défaut de ces trois études vient de ce que cette technique n'a été utilisée que pour reprogrammer des fibroblastes embryonnaires ou des cellules encore multipotentes, tant chez la souris que chez l'homme. Il faut encore démontrer que cela est faisable sur des cellules adultes, plus "vieilles" et donc plus difficiles à reprogrammer.
Références
Kaji et al, Nature AOP doi:10.1038/nature07864
Woltjen et al, Nature AOP doi:10.1038/nature07863
Guo et al, Development doi: 10.1242/dev.030957
dimanche 1 mars 2009
Enfant sur mesure
Quand les bébés éprouvettes sont arrivés, on a dit que c’était une fausse bonne idée. Quand le diagnostic pré-implantatoire (DPI) a été mmis au point, il a été dénoncé comme la porte ouverte à des dérives eugénistes. Elles ont lieu tous les jours ces dérives, puisque sont systématiquement éliminés les embryons porteurs d’anomalies génétiques induisant des maladies graves. On débat en ce moment même de ce genre de pratique dans le cadre de la révision des lois de bioéthique.
Depuis quelque temps des cliniques privées offrent de choisir le sexe de son enfant. Mais ces temps-ci on franchit un nouveau cap avec l’arrivée effective du criblage de la couleur des yeux, de la peau et des cheveux. Un groupe dirigé par Jeff Steinberg, « The Fertility Institutes » comportant des cliniques à Los Angeles, New York et Mexico, est à l’origine de cette annonce. Avec un certain cynisme, leur communiqué annonce qu’on ne saurait garantir le résultat, mais il se trouvera bien des gens pour se précipiter sur ce genre de « service ».
D’où vient Steinberg ?
Le Dr Steinberg était un jeune médecin lorsqu’il a participé à la mise au point de la technique de fertilisation in vitro qui a conduit à la naissance de Louise Brown en Grande-Bretagne en 1978. C’est un raccourci saisissant qui démontre que certaines avancées scientifiques conduisent à des résultats qui sont pires que le mal qu’elles sont supposées corriger. Car ne vouloir un enfant que s’il est brun aux yeux verts avec la peau un peu foncée pour qu’il bronze facilement, c’est descendre encore un cran en dessous du bébé-médicament, le tout pour la modique somme d’environ 18.000$ (source).
Et en France ?
Dans notre pays, le DPI est strictement encadré et réservé aux maladies qu’on ne peut pas guérir au moment du diagnostic. Cependant on ferait sans doute mieux de mettre en avant la solution de l’adoption plutôt que de celle de cette technique très lourde qui a donné 39 enfants nés en 2005 pour lesquels il a fallu ponctionner 2522 oocytes chez les mères, obtenir 1486 embryons par fécondation in vitro et en transplanter 241.
Mais qu’en sera-il quand on pourra cribler pour un développement musculaire hors du commun, la taille, la corpulence ou l’intelligence. Bien sûr la génétique n’est pas tout et les erreurs seront nombreuses. Mais le législateur, puisqu’il a autorisé le DPI, se doit de rester très ferme sur son utilisation et ne permettre aucune dérive. Voire envisager son interdiction.
Depuis quelque temps des cliniques privées offrent de choisir le sexe de son enfant. Mais ces temps-ci on franchit un nouveau cap avec l’arrivée effective du criblage de la couleur des yeux, de la peau et des cheveux. Un groupe dirigé par Jeff Steinberg, « The Fertility Institutes » comportant des cliniques à Los Angeles, New York et Mexico, est à l’origine de cette annonce. Avec un certain cynisme, leur communiqué annonce qu’on ne saurait garantir le résultat, mais il se trouvera bien des gens pour se précipiter sur ce genre de « service ».
D’où vient Steinberg ?
Le Dr Steinberg était un jeune médecin lorsqu’il a participé à la mise au point de la technique de fertilisation in vitro qui a conduit à la naissance de Louise Brown en Grande-Bretagne en 1978. C’est un raccourci saisissant qui démontre que certaines avancées scientifiques conduisent à des résultats qui sont pires que le mal qu’elles sont supposées corriger. Car ne vouloir un enfant que s’il est brun aux yeux verts avec la peau un peu foncée pour qu’il bronze facilement, c’est descendre encore un cran en dessous du bébé-médicament, le tout pour la modique somme d’environ 18.000$ (source).
Et en France ?
Dans notre pays, le DPI est strictement encadré et réservé aux maladies qu’on ne peut pas guérir au moment du diagnostic. Cependant on ferait sans doute mieux de mettre en avant la solution de l’adoption plutôt que de celle de cette technique très lourde qui a donné 39 enfants nés en 2005 pour lesquels il a fallu ponctionner 2522 oocytes chez les mères, obtenir 1486 embryons par fécondation in vitro et en transplanter 241.
Mais qu’en sera-il quand on pourra cribler pour un développement musculaire hors du commun, la taille, la corpulence ou l’intelligence. Bien sûr la génétique n’est pas tout et les erreurs seront nombreuses. Mais le législateur, puisqu’il a autorisé le DPI, se doit de rester très ferme sur son utilisation et ne permettre aucune dérive. Voire envisager son interdiction.
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